1、地域差异：江苏省和上海市的经济和文化发展水平存在差异，两地的资源禀赋和产业结构也存在很大的差异，这会影响合作的顺利开展。2、利益分配：沪连合作中，如何合理分配利益也是一个重要的问题。双方在产业合作、税收分配等方面会存在分歧。3、交通运输：连接两地的交通运输设施还不完善，包括高速公路、铁路、航运等方面的交通设施需要进一步完善，以便更好地促进两地的经济合作。4、环保问题：经济区的建设会给当地的环境带来一定的压力，需要采取相应的环保措施，以避免环境问题的发生。5、产业升级：沪连合作的发展需要依托高新技术、产业升级等方面的支持，需要加强创新能力和技术创新。