法律分析：法院查封的车辆违章处理如下：

1、查封是机动车有法律纠纷被法院给查封了，查封后的机动车可以检车，正常行驶，但不能过户；

2、根据相关规定，对被法院查封的车辆，只是影响到车辆所有人的处分权利，而不会影响到车辆的正常使用及年检；

3、按照正常处理违章即可。

该车辆在扣押期间权利人要求办理权属登记手续的，人民法院应当准许并及时办理相应的扣押登记手续。

法律依据：《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》

第十一条扣押尚未进行权属登记的机动车辆时，人民法院应当在扣押清单上记载该机动车辆的发动机编号。该车辆在扣押期间权利人要求办理权属登记手续的，人民法院应当准许并及时办理相应的扣押登记手续。