环境污染健康损害补偿的处理方法是：1、对污染损害进行定性，即确定污染物损害是否由污染引起；2、对污染损害的责任进行定性，即确定污染损害的责任是否在企业；3、对污染损害进行定量，即对污染损害赔偿数额进行合理确定。

《中华人民共和国民法典》第一千二百二十九条因污染环境、破坏生态造成他人损害的，侵权人应当承担侵权责任。《中华人民共和国民法典》第一千二百三十条因污染环境、破坏生态发生纠纷，行为人应当就法律规定的不承担责任或者减轻责任的情形及其行为与损害之间不存在因果关系承担举证责任。